Ağayev Rəfael Mahir oğlu 4 mart 1985-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Sumqayıt şəhərində anadan olub. 2003-cü ildə 21 No-li orta məktəbi bitirdikdən sonra Azərbaycanın Dövlət Bədən Tərbiyəsi və İdman Akademiyasının təkmübarizlik fakültəsinə daxil olmuş, «Güləşmə və onun metodikası» kafedrasının nəzdində karate üzrə məşqçi-müəllim ixtisası üzrə təhsil alaraq 2007-ci ildə oranı bitirmişdir. 2007-ci ildən 2008-ci ilə qədər respublikanın Ağcabədi rayonunun ərazisində hərbi xidmət keçmiş, sonra perspektiv idmançı kimi müdafiə nazirliyinin idman klubuna keçirilmişdir.
Rəfael idmanla məşğul olub-olmamaq sualı qarşısında heç vaxt qalmayıb, çünki onun atası peşəkar futbolçu kimi iki böyük qardaşına da idmana qarşı sevgi oyada bilmişdi. Böyük qardaşı Ruslan cudo, ikinci qardaşı Rüstəm isə boksla məşğul olurdu və yaxşı nəticələr əldə etmişdi. Bir çox uşaqlar kimi, Rəfael də həyatdakı yerini uşaqlıqdan axtarmalı olub, və ilk vaxtlar atasının yolu ilə gedərək 7 yaşından futbolla, eyni zamanda ilk məşqçisi Rəfael Məmmədovun məktəbində karate ilə məşğul olmağa başlayıb. İlk məşqçisi onda karateyə qarşı böyük sevgi oyada bilmiş, ona ilk vərdiş və bacarıqları aşılamışdır. Belə vəziyyət bir neçə il davam edib. İlk milli yarışlarda iştirak etməklə o, diqqəti cəlb etmiş və Füzuli Musayevin rəhbərliyi altında respublikanın ən məşhur idman klublarından biri olan «Budokan»da məşq etməyə dəvət almışdı. Rəfael artıq ilk respublika çempionatında bütün rəqibləri üzərində inamlı qələbə qazanaraq Milli Karate Federasiyasının prezidenti Yaşar Bəşirovun diqqətini cəlb edə bilmişdi. Y.Bəşirov onda böyük potensial və qeyri-adi döyüş taktikasının olduğunu yəqin etmişdi. Rəfaelin özü gərgin işgüzarlığı və qalibiyyət əzmi ilə seçilirdi, lakin ona beynəlxalq təcrübə lazım idi. O, beynəlxalq yarışlarda ilk dəfə olaraq milli yığma komandanın tərkibində 1997-ci ildə, Mişkolsda (Macarıstan) keçirilən açıq Dünya Kubokunda iştirak etmişdir. Təəssüf ki, ilk yarışlar ona uğur qazandırmamışdı, lakin artıq növbəti il o, İngiltərənin açıq çempionatının qalibi olmuş və bundan sonra demək olar ki, heç vaxt məğlub olmamışdır.
2001-ci ildə Afinada (Yunanıstan) keçirilən Gənclər və Yeniyetmələr arasında özünün ilk Dünya çempionatında komanda hesabında 3-cü yerə çıxmış, növbəti il isə Avropa çempionu olmuşdur. Beləliklə, o, bu gün də öz çəki kateqoriyasında liderliyi saxlayır. Mübaliğəsiz demək olar ki, Rəfael Ağayev dünyanın ən güclü karateçilərindən biridir. Cavan olmasına baxmayaraq, karatedə bütün ən yüksək idman uğurlarına nail ola bilib, dəfələrlə Avropa və Dünya çempionudur. O, bir Dünya çempionatında iki qızıl medal qazanmaqla rekorda imza ata bilmişdir. Bu, 2008-ci ildə Tokioda (Yaponiya) keçirilən 18-ci Dünya çempionatında baş verib. Orada o, 70 kq-a qədər çəki kateqoriyasında və açıq çəki kateqoriyasında (open) qələbə qazanmışdı. Ümumdünya Karate Federasiyasının Prezidenti Antonio Espinos şəxsən onu «Dünya karatesinin brilyantı» adlandırıb.
Rəfaelin idman karyerasında komandanın baş məşqçisi Hidayət Şabanovun böyük rolu olub. H.Şabanov Rəfaelin üzərində 8 ildən artıq çalışıb və qalibiyyətin bütün sevincini onunla birgə keçirib. Beynəlxalq arenada mühüm idman nailiyyətlərinə görə Rəfael Ağayev Milli Olimpiya Komitəsi, Azərbaycan Respublikasının Gənclər və İdman Nazirliyi tərəfindən dəfələrlə mükafata layiq görülüb, bir neçə il ardıcıl olaraq ölkənin ən yaxşı idmançılarının onluğuna daxil olub. Federasiyanın rəsmi sponsoru Azərbaycan Beynəlxalq Bankı tərəfindən şəhərin ən elit rayonlarından birində yeni mənzil, həmçinin AUDI Q7 markalı avtomobillə mükafatlandırılıb.
Bütün xidmətlərinə və idman nailiyyətlərinə baxmayaraq, Rəfael adi həyatda çox sadə adamdır və sadə həyat tərzi sürür. Bürcü - Balıqlardır. Məşqlərdən kənar vaxtlarında filmlərə baxmağı, futbol oynamağı və dostları ilə ünsiyyətdə olmağı xoşlayır. Rəfael nadir keyfiyyətə malikdir, istənilən yerdə liderliyi ələ ala və mürəkkəb vəziyyətdən düzgün çıxış yolu tapa Hal-hazırda Rəfael Ağayev Azərbaycanın yığma komandasının kapitanıdır, yeni baş məşqçi Rəhman Hətəmovun rəhbərliyi altında məşq və çıxış etməyə davam edir. Subaydır.
Məşq etmək və beynəlxalq yarışlarda iştirak etmək üçün ona Milli Karate Federasiyasının rəhbərliyi tərəfindən bütün lazımi şərait yaradılıb. Rəfaelə maliyyə stabilliyi üçün aylıq stipendiya ayrılıb. Rəfaelin təqvim planı çox zəngindir, çünki onun gəlişini səbirsizliklə gözləyən bütün dünyada çoxlu sayda azarkeşi vardır. Demək olar ki, hər ay o, müxtəlif təlim-məşq seminarlarının, toplanışların, turnirlərin keçirilməsi üçün müxtəlif qitələrdən və dünya ölkələrindən dəvət alır. O cümlədən idman karatesinin favoritləri – Fransadan, Almaniyadan, İspaniyadan, ABŞ-dan, Kanadadan və başqa ölkələrdən də dəvətlər gəlir. Bu ölkələrdə ən yaxşı mütəxəssislər Rəfaelin döyüş üsulları və taktikasını diqqətlə izləyir və öyrənirlər, buna baxmayaraq Rəfael Ağayev hələ ki, məğlubedilməz olaraq qalır.